L'interface de Zotero est composée de trois sections :
La barre d'outils permet d'effectuer plusieurs opérations dans sa bibliothèque Zotero.
La boîte de recherche simple permet de rechercher Partout (par défaut), dans Titre, Créateur, Année ou dans Champs & Marqueurs.
 Nouvelle collection : pour classer ses documents
 Nouveau groupe/Nouveau flux
 Nouveau document : ajout manuel
 Ajouter un document par son identifiant
 Nouvelle note
 Ajouter un fichier joint
 Recherche avancée
 Recherche simple
 Localiser
 Synchroniser avec zotero.org