Sections
À l'ouverture d'une bibliothèque EndNote, l'écran se divise par défaut en cinq sections différentes :
- Groupes : où l'on retrouve différents groupes, les groupes préexistants (par ex. : All References), ainsi que les groupes que l'on se créé. C'est également à cet endroit que se retrouvera la recherche dans les catalogues de bibliothèques, de même que les résultats de la recherche de texte intégral (Find Full Text).
- Liste de références : où les références sont affichées de façon sommaire.
- Référence (en mode édition) : où on retrouve les fonctions d'édition rapide de la référence sélectionnée dans la liste.
- Référence (prévisualisation) : où on voit la référence sélectionnée dans la liste mise en forme selon le style bibliographique choisi.
- Référence (fichier attaché) : où on voit le fichier PDF attaché à la référence sélectionnée dans la liste.
Barre d'outils
La barre d'outils permet d'effectuer la majorité des opérations dans la bibliothèque.La fonction d'un bouton s'affiche au passage de la souris.

Opérations sur les références
Pour sélectionner plusieurs références
Maintenez la touche Commande (touche Pomme) et cliquez sur les références une à une.
Pour sélectionner des références en bloc
- Cliquez sur la première référence;
- Maintenez la touche Maj (Shift) enfoncée;
- Cliquez sur la dernière référence.
Pour supprimer une référence
- Sélectionnez la référence;
- Au choix :
- Tapez la touche Supprimer au clavier;
- Glissez et déposez la référence dans la corbeille;
- Cliquez sur le bouton droit de la souris et sélectionnez Move References to Trash dans le menu qui apparaît.
- Maintenez la touche Contrôle enfoncée, cliquez sur la référence et sélectionnez Move References to Trash dans le menu qui apparaît.
Restaurer une référence
- Dans la corbeille, sélectionnez la référence à restaurer;
- Au choix :
- Glissez et déposez la référence dans la section All References.
- Cliquez sur le bouton droit de la souris et choisissez Restore to Library.
- Maintenez la touche Contrôle enfoncée, cliquez sur la référence et sélectionnez Move Restore to Library dans le menu qui apparaît.
Modifier la disposition des fenêtres
L'option Layout permet de personnaliser l'affichage des différentes fenêtres. Elle est située dans le coin supérieur droit de l'écran :

La fenêtre des groupes peut être affichée à gauche ou masquée.
La fenêtre à onglets peut être placée à droite ou sous la liste des références. L'option Split sépare l'affichage du PDF de l'édition ou la prévisualisation de la référence.