Il n'est pas possible de modifier les styles offerts dans EndNote Online ou d'en créer de nouveaux. Les styles ne sont pas synchronisés entre EndNote logiciel et EndNote Online.
Il est possible de réduire le nombre de styles affichés dans les listes, que ce soit dans EndNote Online pour la création d'une bibliographie indépendante ou dans Word avec la barre d'outils EndNote, en utilisant la fonction de favoris. Dès que vous ajoutez un style dans la liste des favoris, les autres ne seront plus visibles. Pour avoir de nouveau accès à l'ensemble des styles, vous devez vider la liste des favoris.