Il est possible d'importer dans EndNote des références provenant d'un autre logiciel de gestion bibliographique, tels Mendeley ou Zotero. Il faut d'abord exporter ses références dans un format standard (par ex. RIS).
Notez que les types de documents et les champs bibliographiques utilisés varient d'un logiciel à un autre, certaines informations ne se transfèreront pas correctement. Il est important de valider les données après l'importation.