Les groupes sont des sous-ensembles de références établis selon des critères précis. Les références peuvent se retrouver dans plusieurs groupes.
La fenêtre des groupes, qui liste tous les groupes existants, se trouve à la gauche de l'interface de la bibliothèque.
Groupes permanents et temporaires
Les trois premiers groupes sont permanents :
- All References affiche toutes les références contenues dans la bibliothèque;
- Unfiled contient les références qui ne sont associées à aucun groupe simple;
- Trash contient les références qui ont été effacées mais qui n'ont pas encore été éliminées de façon permanente.
Les groupes suivants s’affichent au besoin :
-  (votredocument.docx) affiche toutes les références contenues dans le document Word dans lequel vous travaillez;
-  Duplicate References affiche tous les doublons repérés suite à une recherche de doublons;
-  Imported References affiche les dernières références importées à partir d’une base de données bibliographique;
-  Recently Added affiche les références ajoutées durant la session de travail actuelle.

Groupes personnalisés
Vous pouvez créer vos propres groupes afin de gérer plus facilement les références de votre bibliothèque. Vous pouvez créer des groupes de trois types :
- GroupÂ
: Un groupe simple se construit en y ajoutant manuellement des références. Un groupe simple que vous partagez via EndNote Web sera affiché avec l'image
. - Smart group
 : Un groupe intelligent se compile automatiquement en fonction des critères de recherche que vous aurez définis. - Create from groupÂ
 : Un groupe qui est créé par la combinaison de groupes existants.
 Menu Groups
La plupart des fonctionnalités de gestion des groupes sont accessibles par le menu Groups ou par le menu contextuel.
