Ce guide a été produit pour la version 1.16 du logiciel, utilisé dans un environnement Windows avec la suite Office, mais les fonctionnalités sont également disponibles avec LibreOffice, LaTeX et Mac Word 2008 et 2011.
L’utilisation de Mendeley implique à la fois la création d’un compte en ligne et l’installation locale du logiciel. Celui-ci peut être téléchargé à l'adresse : http://www.mendeley.com/.
L'utilisation de Mendeley se fait à la fois en ligne et avec le logiciel. La version Web est encore en développement, alors elle sera amenée à évoluer.
La capsule vidéo qui suit vous présente en 7 minutes un tour des fonctionnalités de Mendeley Desktop :
L'écran de Mendeley Desktop se présente en trois sections.
Cliquez sur les intitulés des colonnes pour appliquer des critères de tri différents.
Les références peuvent aussi y être affichées sous forme de bibliographie mise en page selon le style bibliographique de votre choix.
Choisissez View > Library as Citations pour activer cet affichage et View > Citation Style pour appliquer un style particulier;
Lorsqu'il est ouvert, le fichier PDF joint à une référence s'affiche sous un nouvel onglet, surmonté d'une barre d'outils permettant de l'annoter, de le surligner, etc.
On peut y modifier l'information, joindre des fichiers (PDF, images...), ajouter des notes, etc. La boîte de recherche située au-dessus de cette section permet de chercher dans votre bibliothèque ainsi que dans les fichiers PDF joints.
L'interface de la version Web de Mendeley comprend plusieurs onglets. Votre bibliothèque se trouve sous l'onglet My Library et la structure de la page est semblable à celle de Mendeley Desktop.
Comme pour tout fichier important, il est conseillé de sauvegarder sa bibliothèque sur un autre support que son ordinateur. Plusieurs possibilités s'offrent à vous.
L'option la plus simple est de créer une copie sur le Web dans votre compte Mendeley à l'aide de l'icône de synchronisation Sync située dans la barre de menu de Mendeley Desktop.
Il est aussi possible de créer une copie de sauvegarde en format compressé (.zip). Vous pourrez donc récupérer, le cas échéant, une copie antérieure, même si ce n'est pas la dernière.
Pour récupérer cette copie, sélectionnez Help > Restore Backup.
Il est également possible de créer une copie dans un format autre que le format Mendeley.
Pour récupérer cette sauvegarde, sélectionnez File > Import.
Il est possible d'ajouter des documents en format PDF à votre bibliothèque. Mendeley crééra automatiquement la référence si le fichier contient les informations bibliographiques nécessaires.
La façon la plus simple d'accomplir cette action est de glisser les fichiers PDF vers la fenêtre centrale de Mendeley Desktop.
Vous pouvez aussi utiliser les options suivantes :
Parfois, Mendeley ne trouvera pas l'information nécessaire pour créer la référence. Vous devrez alors saisir manuellement les informations bibliographiques nécessaires ou encore importer la référence à partir d'une base de données.
Mendeley peut surveiller un dossier de votre ordinateur et il créera des références automatiquement lorsque vous y ajouterez de nouveaux documents en format PDF. Pour ce faire :
Mendeley permet l'importation de références à partir du Web selon deux modes différents. Le plus direct utilise un module complémentaire ou un signapplet (favori dynamique) installé dans votre navigateur. Cependant, certains sites Web ne sont pas compatibles avec ce mode d'importation. Dans le cas de certaines bases de données, vous pouvez recourir à un deuxième type d'importation, indirect, qui consiste à importer les données en format RIS.
Vous devez installer le module complémentaire Web importer (Chrome ou Firefox) ou enregistrer le signapplet (favori dynamique) Save to Mendeley dans la barre de favoris (Edge, Internet Explorer ou Safari) pour importer des références à partir du Web.
Notez que toutes les bases de données bibliographiques ne sont pas compatibles avec le Web Importer.
L'importation directe des fichiers RIS est possible à condition de leur associer automatiquement Mendeley comme programme par défaut. La procédure varie selon le système d'exploitation.
En procédant de la sorte, les fichiers d'exportation en format RIS seront ouverts automatiquement dans Mendeley.
Prenez note que les fichiers en format BibTeX, EndNote XML et en provenance de Zotero peuvent être importés de la même manière.
La saisie manuelle est utile lorsqu'une référence ne peut être importée d'une source externe. Pour créer une nouvelle référence :
Notez qu'en passant d'un champ à un autre dans le bordereau de saisie, Mendeley affiche une bulle d'information si des règles de saisies particulières s'appliquent. Par exemple, pour le champ Auteurs (Authors) :
N'essayez pas de modifier le format du texte dans le bordereau (italique, gras...). Il sera déterminé par le style bibliographique que vous choisirez.
Lors de la saisie manuelle d’une référence, il est possible qu'il manque certains champs nécessaires à la complétion de votre référence bibliographique (par exemple, la date de consultation d’un document en ligne).
Pour ajouter des champs au bordereau de saisie d’un type de document :
La saisie manuelle peut être grandement accélérée en utilisant le digital object identifier (DOI) d'un document.
Pour créer un dossier, cliquez sur Create folder dans la section de gauche et inscrivez le nom de votre nouveau dossier. Vous pourrez ensuite y ajouter des références.
Pour supprimer un dossier que vous avez créé, placez votre curseur sur ce dernier puis faites un clic droit et sélectionnez Remove Folder.
Les groupes, qui se trouvent sous la liste de dossiers, permettent de partager des références avec d'autres personnes. Pour en savoir plus, consultez la page Partager ses références et documents.
Dans la section centrale, un clic sur les titres des différentes colonnes permet de trier vos références. Pour avoir accès au tri, vous devez être dans le mode d'affichage Library as table (View > Library as table);
Les options de filtre se trouvent au bas de la section de gauche. Vous pouvez filtrer vos références selon les mots clés des auteurs, le nom des auteurs, les tags et les titres des périodiques.
Pour utiliser le filtre par tags, vous devez avoir inscrit des mots clés dans le champ Tags de vos références. Pour ce faire :
Vous pouvez ajouter des notes personnelles à vos références, par exemple pour conserver des notes de lecture ou des commentaires.
Si vous exportez la référence (formats RIS, XML, BibTeX), les annotations seront fusionnées avec celle-ci. Ainsi, vous conserverez vos notes en dehors de Mendeley.
Pour afficher le document PDF, double-cliquez sur la référence associée.
Pour supprimer le surlignage, positionnez votre curseur sur l’extrait surligné et faites un clic droit, puis Remove Highlight.
Le bouton Color permet de choisir la couleur de surlignement.
Une fois le passage surligné, vous pouvez changer la couleur en faisant un clic droit puis en sélectionnant une nouvelle option à Color.
Pour modifier une note, cliquez sur celle-ci. La boîte de texte s'ouvrira et vous pourrez faire vos modifications.
Pour supprimer la note, positionnez votre curseur sur la note et faites un clic droit, puis Delete Note.
Le surlignement sera conservé dans le texte et les notes se trouveront à la fin du document.
Au fil des importations, votre bibliothèque pourrait contenir des références en double. Mendeley a une fonction qui permet de les identifier.
Notez que la recherche de doublons s’applique seulement aux références contenues dans le dossier ou le groupe sélectionné.
Mendeley peut joindre n’importe quel type de fichier à une référence, toutefois, seuls les fichiers PDF peuvent être lus dans Mendeley.
Pour joindre un fichier :
Mendeley permet de classer et de renommer automatiquement ses fichiers. Pour ce faire :
Notez qu'il n'est pas recommandé d'utiliser la fonction Tidy up, car il arrive parfois qu'elle supprime plus de fichiers que nécessaire.
Mendeley Desktop propose plusieurs styles bibliographiques par défaut.
Pour changer de style bibliographique, sélectionnez le style sous View > Citation styles.
Si le style désiré ne se trouve pas dans la liste, sélectionnez More Styles.
En plus des styles déjà installés, vous pouvez télécharger de nombreux autres styles bibliographiques. Pour ce faire :
Notez qu'il est impossible de supprimer un style installé par défaut dans Mendeley.
Pour insérer des références dans un document, il faut préalablement installer le Plugin MS Word. Pour ce faire :
Lorsque vous modifiez le style, toutes les références s'afficheront selon le nouveau format.
Il est possible de modifier une référence, par exemple pour retirer le nom de l’auteur qui est déjà mentionné dans la phrase, ou ajouter la ou les pages consultées.
Pour retirer une des références d’un groupe :
Mendeley permet de générer une bibliographie automatiquement à partir des références déjà citées dans le texte.
Il se peut que vous ayez à produire une bibliographie sans intégrer des références dans le corps du texte.
Il est également possible de faire un glisser-déposer des références vers Word ou tout autre logiciel où vous voulez afficher la bibliographie. Notez que la bibliographie ne sera plus liée à Mendeley. Si vous corrigez une référence dans Mendeley, elle ne sera pas transférée à la bibliographie.
En retirant les liens dynamiques Mendeley de votre texte, il devient possible de corriger manuellement les références sans qu'elles soient écrasées lors d'une actualisation (Refresh) et sans risquer de corrompre votre document.
Il est possible de partager ses références avec d’autres membres de la communauté Mendeley. Le partage prend la forme de groupes privés ou publics. Ceux-ci apparaissent dans la section de gauche sous Groups et se distinguent des dossiers privés qui sont regroupés sous My Library.
Si la référence est dans votre bibliothèque Mendeley, déplacez-la vers le groupe par un glisser-déposer.
Si la référence n'est pas dans votre bibliothèque, ajoutez-la par glisser-déposer ou à l'aide de la fonction Add Files.
Il n'existe pas de module complémentaire (plugin) permettant de citer et de produire automatiquement une bibliographie avec les documents Google (Google Drive), mais vous pouvez créer une bibliographie indépendante et l'insérer dans votre document Google. Dans le texte même, vous devrez donc citer les documents manuellement, mais votre bibliographie finale pourra être créée à l'aide de Mendeley.
Pour obtenir une bibliographie indépendante :
La suite dépend du navigateur que vous utilisez :
Notez que dans les deux cas, la bibliographie ne sera plus liée à Mendeley. Si vous corrigez une référence dans Mendeley, elle ne sera pas transférée à la bibliographie.
Pour ajouter des champs au bordereau de saisie d’un type de document :
Non.
Si la bibliographie a été entrée à la main, il n'y a pas de façon automatique d'importer vos références dans Mendeley.
Toutefois, il existe des façons de simplifier le transfert des références vers Mendeley.
Ajout par DOI
Si la majorité des articles possèdent des DOI, il y a une façon de simplifier leur entrée. Il faut créer une entrée manuellement, inscrire le DOI dans le champ approprié, puis cliquer sur la loupe. Les informations bibliographiques seront ajoutées automatiquement.
Utiliser un service d'analyse syntaxique
Des services d'analyse syntaxique permettent de séparer les éléments d'une bibliographie puis de transférer les informations dans un logiciel de gestion bibliographique. Notez que ce n'est pas une méthode magique, mais elle peut s'avérer plus rapide que de tout recopier manuellement. Cette procédure fonctionne bien pour les bibliographies faites avec les principaux styles bibliographiques et avec les types de documents classiques (articles de périodiques, livres).
Voici la procédure en utilisant le service gratuit en ligne Anystyle.io.
Lorsque vous transférérez une de vos références à un groupe, Mendeley crée une copie de la référence et du PDF et nettoie toutes les annotations ajoutées au document PDF. Mendeley agit ainsi en présumant que les notes que vous avez prises avant le partage ne concernent que vous et non tout le groupe. Malheureusement, si vous vouliez partager ces notes à votre groupe, vous devrez les réécrire.
Il est par contre possible d'envoyer par courriel votre PDF incluant vos annotations. Il suffit de sélectionner la référence et, par le menu File ou un clic-droit, choisir Send by E-mail. Cependant, les personnes qui ouvriront dans Mendeley ce PDF envoyé par courriel verront les annotations comme si elles les avaient écrites elles-mêmes (c'est l'étiquette You et la couleur jaune qui seront appliquées aux annotations et au surlignage), ce qui peut rendre le tout un peu confondant lorsqu'elles voudront ajouter aussi des notes.
Les groupes publics (Invite-only ou Open) ne permettent pas le partage de fichier joints (par ex. des fichiers PDF). Il est uniquement permis d’y partager des références bibliographiques.
Si vous désirez partager des fichiers joints avec des collègues, vous devez alors le faire dans un groupe privé (Private). La version gratuite de Mendeley ne permet la création que d'un seul groupe privé, avec un maximum de trois membres. Il est toutefois possible d'être membre de plusieurs groupes privés.
Cette option s'effectue automatiquement pour les styles où il n'y a que le nom de famille de l'auteur. Si deux auteurs portent le même nom de famille et ont publié la même année, une initiale apparaîtra pour les distinguer dans les références (ex. Morin, J. vs. Morin, G.). Si deux auteurs ont le même nom de famille, ont publié la même année, et leurs prénoms commencent par la même lettre, le prénom complet apparaîtra pour les distinguer (ex: Morin, Jeanne vs. Morin, Johanne).
La première fois que vous ferez ce type d'importation, vous devrez effectuer ces étapes supplémentaires:
Notez que Mendeley ne peut ouvrir les fichiers en format .enw ou .ciw.
En 2019, il existe deux méthodes pour citer des références dans Word : le module complémentaire Citation Plugin et l'application Mendeley cite.
Le module complémentaire Citation Plugin (aussi appelé MS Word Plugin) existe depuis plusieurs années et s'utilise conjointement avec Mendeley Desktop. Il s'installe dans la version Word installée sur votre ordinateur et vous permet de citer vos références dans vos documents Word et de générer des bibliographies.
Mendeley Cite est une nouvelle application encore en Beta qui s'utilise avec votre bibliothèque Mendeley en ligne. Cette application est compatible avec Office 365 et Word Online. Elle permet de citer des références dans Word ou Word Online sans ouvrir Mendeley en parallèle. Toutefois, ses fonctions sont encore assez limitées.
L'outil de citation Mendeley est compatible avec plusieurs logiciels :
Il n'est pas compatible avec Open Office, avec la suite Google ni la suite Office online. Il est possible de créer des bibliographies indépendantes que l'on copie dans un document sur ces services, mais les fonctions de citation automatique ne sont pas disponibles.
Pour citer dans la suite Google, consultez la page Est-ce que je peux citer des références dans un document Google avec Mendeley?