Les références capturées peuvent être organisées en collections et sous-collections dans Ma Bibliothèque, section de gauche. Il existe 2 méthodes complémentaires; l'une manuelle, l'autre automatique :
- Classer les références dans les collections et sous-collections par glisser-déposer;
- Classer automatiquement les références en fonction de critères préétablis.
Classer les références dans des collections et sous-collections par glisser-déposer
- Pour créer une collection, cliquez sur
 (Nouvelle collection);

- Nommez la collection;

- Vous pouvez glisser une collection sous une autre pour en faire une sous-collection. Pour créer une nouvelle sous-collection, faites un clic droit sur le dossier puis sélectionnez Nouvelle sous-collection;

- Pour classer une référence, sélectionnez-la et glissez-la vers le dossier approprié.

Classer automatiquement les références
Il est possible de classer automatiquement des références dans vos collections en fonction de critères de votre choix (dates, résumés, titres, notes, marqueurs, type de fichiers joints, etc.). Ces critères peuvent être combinés.
Configurer l'affichage des références dans les collections et sous-collections
Par défaut, les références classées dans une sous-collection ne s'affichent pas au niveau de la collection parent.
Exemple, au niveau de la sous-collection :

Au niveau de la collection :

Pour les faire afficher :
- Cliquez sur :
- PC : Édition > Préférences > Avancées;
- Mac : Zotero > Préférences > Avancées;
- Cliquez sur le bouton Éditeur de configuration;

- Un avertissement s’affiche. Cliquez sur I accept the risk!;Â

- Dans la boîte de recherche, tapez recursive pour retrouver la fonction extensions.zotero.recursiveCollections;
- Double-cliquez sur extensions.zotero.recursiveCollections pour lui attribuer la valeur true;

- Fermez la fenêtre. Chaque collection affiche maintenant les références de ses sous-collections.